Ускорение ваших геномных исследований с автоматизацией пробоподготовки на Biomek
Biomek i-Series для автоматизированной очистки ПЦР с AMPure XP
Введение
Набор AMPure XP от Beckman Coulter предназначен для высокоэффективной очистки продуктов ПЦР и обеспечивает отличное качество ДНК без остаточных солей. Работа AMPure XP основана на принципе твердофазной иммобилизации (SPRI) нуклеиновых кислот на магнитных частицах, которые не требуют центрифугирования или фильтрации. Очистка ПЦР — один из базовых этапов подготовки образцов в NGS и может выполняться вручную или на роботе в 96- и 384-луночных форматах. Далее мы покажем автоматизированный процесс на примере Biomek i5 Multichannel 96 Genomics Workstation.
Автоматизация AMPure XP на любом Biomek позволяет:
- стандартизировать рабочий процесс для получения более надежных результатов;
- снизить вероятность дорогостоящих ошибок;
- сократить время ручного труда и повысить производительность;
- наладить работу готовых методов в максимально короткий срок;
- получать компетентную поддержку по реагентике, автоматизации и методикам от одного производителя.
Решение: Biomek i5 Multichannel 96 Genomics Workstation
Система характеризуется надежностью и эффективностью, что позволяет быть уверенным в результатах и экономить его время по сравнению с работой вручную.
- 96-и канальный дозирующий модуль на 300 мкл или 1200 мкл с диапазоном дозирования 1–300 мкл и 1–1200 мкл соответственно
- Технология Enhanced Selective Tip позволяет работать с любым количеством образцов
- Встроенный гриппер с боковым захватом и вращением на 360 ̊
- 25 позиций на рабочем столе
- Орбитальные шейкеры и элементы Пелтье для пробоподготовки
- Дополнительный корпус
Рисунок 1. Biomek i5 Span-8 Genomics Workstation Enclosed. Вместительный рабочий стол позволяет экономить время сотрудников.
Интерфейс запуска готовых методов
Три простых модуля предоставляют пользователю все инструкции, помогающие безошибочно настроить метод и гарантирующие максимальную гибкость при планировании рабочего дня.
1. Biomek Method launcher (BML) — простой интерфейс для запуска готовых методов
Рисунок 2. Biomek Method Launcher предлагает удобный интерфейс для запуска метода
Рисунок 3. Через интерфейс BML перейти в режим ручного управления
2. Method Options Selector (MOS) — позволяет настроить метод согласно актуальной задаче. Например, количество и объём образцов, тип пластика.
Рисунок 4. Настройки запуска протокола. Пользователь может выбрать, какую часть метода запустить, а также количество образцов, тип планшета, сколько повторностей и информациюо стандартах.
3. Guided Labware Setup (GLS) — на основании данных, введённых в MOS рассчитывает необходимые количества пластика и реагентов и предоставляет пошаговую инструкцию для оператора по расстановке рабочего стола.
Рисунок 5. GLS показывает рассчитанные объёмы реагентов и схему расстановки, предотвращая ошибки.
Быстрый, эффективный, настраиваемый процесс максимизирует производительность
Рисунок 6. Рабочий процесс AMPure XP
| Описание основного процесса |
1 планшет |
|---|---|
| Метод AMPure XP | 25 мин |
| Время ручного труда | 10 мин |
| ** Без учета времени оттаивания реагентов. |
Таблица 1. Расчётное время запуска метода AMPure XP на Biomek i5 MC96.
План эксперимента и результаты
Маркер Thermo (500 п.н.) развели до концентрации 60 нг/мкл; для очистки использовали 50мкл AMPure XP. Аликвоты в 5 технических повторностях нанесли в планшет для ПЦР в шахматном порядке. После очистки на станции i5 Multichannel образцы анализировали на приборе Agilent TapeStation 2200 с использованием набора High Sensitivity D1000 kit.
Рисунок 7. Образцы проанализировали Agilent TapeStation набором HS D1000. Повторы показывают согласованность процесса, а чередующиеся пустые лунки - отсутствие кросс контаминации. Выход образцов составил около 95 %, а изображение геля и следов свидетельствует об отсутствии примесей.
Рисунок 8. Электрофореграмма показывает, что распределиение длин фрагментов образца находится в ожидаемой области
Заключение
Полученные данные свидетельствуют о том, что очистка продуктов ПЦР с помощью AMPure XP, автоматизированная на новом Biomek i-Series, позволяет получать качественную ДНК с высоким выходом.
Автоматизированные лабораторные станции Biomek не предназначены и не утверждены для диагностики заболеваний или других состояний. Данные, представленные в настоящем документе, были получены в процессе разработки.